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发表于 2015-7-28 09:50:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 xiaoxudoo 于 2015-7-28 09:49 编辑

l 动力学基本软件:
1) Amber:http://ambermd.org/
l  对接基本软件
l  分析软件
1)POVME(蛋白口袋的体积测量): http://nbcr.ucsd.edu/data/sw/hosted/POVME/
2)APBS(解PB方程):http://www.poissonboltzmann.org/
3)Delphi(解PB方程):http://compbio.clemson.edu/delphi_webserver/
4)Ligplot(小分子结合模式的二维图):http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LIGPLOT/
5)G09(计算小分子的电荷、能量):http://www.gaussian.com/
7)Simulaid(聚类分析、氢键分析等):http://inka.mssm.edu/~mezei/simulaid/
l  作图软件
1)Pymol:http://pymol.org/ (部分版本免费)
l  其它
1)Openbabel(小分子格式转换):http://openbabel.org/wiki/Main_Page
2)Pymol学习:http://www.pymolwiki.org

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